第2次世界大戦下のドイツ、ユダヤ人強制収容所の指揮官を父に持つ少年ブルーノはある日、有刺鉄線で囲まれた風変わりな農場を見つける。そこで縞模様のパシャマを着た少年シュムエルに出会い、次第に心を通わせていくが…。