エリート新人女性エージェントMは、ロンドン支部でイケメンチャラ男だが敏腕のエージェントHとチームを組み、MIB内部に潜伏するスパイを摘発する任務にあたる。エージェントの姿に化けたエイリアンを探す為、イギリス、フランス、モロッコと世界各国で捜査を…